從我國校車運營和發展的歷史來看，由于發展起步晚，相關法律法規不完善，致使校車在運營過程中出現事故多發、運營混亂等問題。僅僅從2010年10月一2011年9 月一年間公開報道的嚴重的校車事故就有22起，造成至少41名學生死亡、超過130名學生不同程度受傷。原因大致有以下幾種:

　　1.發生事故的多為“山寨校車”，車體本身不達標導致事故多發。

　　無論是私立還是公立學校，基本是利用普通的客車承載兒童，甚至在些農村地區，農用二輪車、拖拉機和報廢車輛等成為營運學生上下學的主要交通工具。在我國，每天有數百萬的學生乘坐存在安全隱患的校車上下學，因車體不達標而引發的校車事故便比比皆是。

　　2.普遍超載導致事故嚴重。

　　農村學生對校車需求較大，“黑校車”和“超載校車”多集中于城鄉結介部和農村地區等。其原囚，是因為撤鄉并鎮帶來學區及學校布局調整，學區服務覆蓋而加大，導致部分學生路途偏遠必須乘車，尤其是農村中小學和幼兒園;同時，為爭奪生源，部分城鄉民辦幼兒園主動出車接送學生。

　　目前正在運營的校車，不僅符合標準的微乎其微，而且數量嚴重不足，尤其在大部分農村地區，超載現象無處不在。以陜西省銅川市紅土鎮為例，全鎮只有所中學，學生們大都在學校寄宿，周末回家般都是搭載校門日的客運小面包車，孩子們只能硬擠著回家，一輛只能乘坐7人的昌河面包拉了17名學生。紅土鎮的現象在我國是一種十分普遍的現象。"34座的校車擠118個孩子”、"19個座位的客車搭載76名小學生和學前兒童”等等的報道隨處叫見，在這種情況下，能保障孩子的安全狀況嗎?

　　3.司機素質較低導致校車事故頻發。

　　目前，由于大部分校車是社會車輛，司機沒有校車運營的專門要求，違章駕駛、缺乏責任意識等現象突出。因此發生交通事故的現象在全國頻發。

　　4.校車運營混亂、監管不力。

　　在校車管理上，教育、公安、交通等部門都有不可推卸的責任。目前實行的是共同管理、共同負責。然而，共同管理、共同負責最大的弊端就是無人管理、無人負責，缺乏責任主體，從而造成管理結構松散、溝通環節繁多、管理效率不高、責任主體不明等問題。

　　5.校車經營長期“入不敷出”，買車養車成本高。

　　“目前校車是‘買得起、養不起’，這才是學校不買校車的最大原因。”李弢說。他詳細地算了筆“校車賬”:一輛公交車可以全天運營，但校車在正常8小時工作時間是封存的，只有在上下學時開動。而且送完孩子上學，回程跑的就是空車了。“周六日不上學，‘五一’、國慶長假不上學，更不要說算上幾個月的寒暑假，都要花錢養著空置的校車和司機，運營成本非常高，可以說沒法盈利。”民辦學校沒有政府財力支持，各項支出都是靠學生的學費和投資方投入，本已不寬綽，而在接送學生的校車方面，更是長期“入不敷出”。